生物医学工程系拥有生物医学工程一级学科博士学位授权点、工学硕士和工程硕士学位授权点。
该系主要负责培养具备生命科学、电子技术、计算机技术及信息科学有关的基础理论，具有医学与工程技术相结合的科学研究能力，能在生物医学工程、医学仪器领域及其它电子、计算机技术、信息产业部门从事研究、开发、教学及管理的高级工程技术人才。