微生物学是生命科学领域中重要的分支学科，是生命科学的前沿研究领域之一，是分子生物学理论和技术得以迅速发展的重要基础。山东大学的微生物学科有悠久的历史。王祖农教授1950年从法国巴斯德研究所回国后就组建了微生物学教研组和微生物学专门化，1958年建立微生物学专业， 1979年经教育部批准建立微生物学研究所。1981年微生物学专业获得我国首批博士和硕士学位授予权，该学科1987年被列为国家重点学科，1991年被批准建立生物学博士后流动站。其间，1993年又获准建立了发酵工程硕士点。1987年经国家计委和国家教委批准，利用世界银行重点学科发展项目贷款，建立了山东大学微生物技术国家重点实验室，该实验室1995年10月通过了国家验收，正式对外开放。微生物学科1997年被山东大学列为“211工程”重点建设学科之一。

山东大学微生物学科创立以来，在王祖农教授的带领下，在微生物学的各研究方向开展了卓有成效的工作，取得了丰硕的研究成果，纤维素微生物学、自养微生物学等学科领域在国内外享有较高的声誉。在王祖农教授严谨、严格的学风熏陶下，言传身教，培养了一批学术上有建树的学科带头人和研究生指导教师，高培基教授就是其中优秀的代表。高培基教授所从事的纤维素微生物学研究蜚声内外，两次获得国家教育部（国家教委）科技进步一等奖。他所指导的博士研究生在2000年和2001年两次获得国家优秀博士论文奖。

该学科注重研究生的全面素质和创新意识的培养，积极鼓励研究生参加国家课题研究工作，现在研究生已成为实验室工作的生力军。毕业研究生都能在不同的工作岗位上起到学术骨干作用，成为学术带头人。首届微生物学博士生曲音波，现为山东大学生命科学学院院长，微生物技术国家重点实验室主任，博士生导师，已成为国内著名的微生物学专家。1990年，中国科协授予第二届“中国青年科技奖”。1991年，国家教委和国务院学位委员会授予“做出突出贡献的中国博士学位获得者”称号。1992年，山东省团委、省人事局等授予“优秀青年知识分子标兵”、“新长征突击手标兵”称号。1996年又被国家教委评选列入《跨世纪优秀人才计划》。1997年获政府特殊津贴和山东省拔尖人才称号。

现在我校微生物学科已成为我国纤维素微生物学、自养微生物学、微生物分子生物学和微生物工程学等生命科学和生物技术的主要研究中心之一，和生物资源开发、环境保护、农业生态等人类社会可持续发展所必需的关键技术的主要开发中心之一。在学科建设和人才培养等方面也取得许多成就，已成为专业基础教学，特别是理工相结合的微生物学与微生物工程学的博士生、博士后和青年学术带头人的主要培养基地。在经过我校“211工程”建设以后，该学科会有更大的发展，继续保持国际先进或国内领先水平，为人类社会可持续发展做出较大贡献。